{"id":2324,"date":"2019-05-16T09:20:33","date_gmt":"2019-05-16T08:20:33","guid":{"rendered":"https:\/\/ibb.uab.cat\/?p=2324"},"modified":"2019-05-16T09:20:33","modified_gmt":"2019-05-16T08:20:33","slug":"un-metode-computacional-augmenta-leficiencia-del-disseny-de-farmacs-basats-en-proteines","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/2019\/05\/16\/un-metode-computacional-augmenta-leficiencia-del-disseny-de-farmacs-basats-en-proteines\/","title":{"rendered":"Un m\u00e8tode computacional augmenta l\u2019efici\u00e8ncia del disseny de f\u00e0rmacs basats en prote\u00efnes"},"content":{"rendered":"

\"\"Investigadors de l\u2019Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB)<\/a>, en col\u00b7laboraci\u00f3 amb cient\u00edfics de la Universitat de Vars\u00f2via, han presentat una important actualitzaci\u00f3 del seu m\u00e8tode computacional AGGRESCAN 3D<\/a>, enfocada en facilitar i abaratir el desenvolupament de f\u00e0rmacs de nova generaci\u00f3 amb base proteica, disminuint la seva propensi\u00f3 a formar agregats mentre es mantenen estables i actius durant m\u00e9s temps.<\/b><\/p>\n

L\u2019agregaci\u00f3 de prote\u00efnes \u00e9s un fenomen com\u00fa en nombroses i diverses patologies; des de Parkinson i Alzheimer fins a alguns c\u00e0ncers o la diabetis de tipus II. L\u2019increment en el coneixement molecular darrera d\u2019aquest fenomen ha perm\u00e8s el desenvolupament de diferents algoritmes capa\u00e7os d\u2019identificar i predir les regions m\u00e9s propenses a agregar. Entre els primers l\u2019AGGRESCAN, desenvolupat pels mateixos investigadors de l\u2019IBB, tenia en compte la propensi\u00f3 de la seq\u00fc\u00e8ncia lineal, per\u00f2 no la conformaci\u00f3 3D que adquireixen les prote\u00efnes globulars. Fa quatre anys, el mateix grup d\u2019investigaci\u00f3 va plasmar la idea de fer aquestes prediccions sobre les estructures de les prote\u00efnes en el servidor AGGRESCAN 3D (A3D). Aquest tenia una precisi\u00f3 m\u00e9s alta que els basats en seq\u00fc\u00e8ncies lineals per predir les propietats d\u2019agregaci\u00f3 de les prote\u00efnes globulars. A m\u00e9s aportava noves prestacions, com la possibilitat de modelar f\u00e0cilment mutacions patog\u00e8niques, o el mode din\u00e0mic, que permetia modelar la flexibilitat de petites prote\u00efnes per veure regions potencialment amagades.<\/p>\n

La nova actualitzaci\u00f3 s\u2019ha implementat com un servidor web lliurament accessible per al m\u00f3n acad\u00e8mic, a m\u00e9s d\u2019una versi\u00f3 per a escriptori compatible amb Windows, MacOS i Linux. El nou algoritme supera les limitacions anteriors ampliant substancialment el cost computacional, per permetre el modelatge de la flexibilitat de mol\u00e8cules d\u2019inter\u00e8s biom\u00e8dic. A m\u00e9s incorpora diferents eines com la generaci\u00f3 autom\u00e0tiques de mutacions per facilitar redissenys de prote\u00efnes com anticossos que siguin estables alhora que m\u00e9s solubles, i una interf\u00edcie d\u2019usuari millorada per visualitzar les dades al propi web.<\/p>\n

\u201cAmb aquesta actualitzaci\u00f3, A3D esdev\u00e9 un dels predictors d\u2019agregaci\u00f3 m\u00e9s complets. El fet que en un mateix lloc puguem fer prediccions d\u2019agregaci\u00f3 de la prote\u00efna, modelar la seva flexibilitat, estudiar com se\u2019n podria fer un redisseny intel\u00b7ligent i veure com li afectarien diferents factors suposa un pas endavant important respecte d\u2019altres servidors semblants\u201d, assenyala Salvador Ventura, investigador de l\u2019IBB i del Departament de Bioqu\u00edmica i de Biologia Molecular, creador de l\u2019A3D. \u201cTot plegat ens permetr\u00e0, entre altres aspectes, millorar la producci\u00f3 de f\u00e0rmacs de base proteica, reduint costos de desenvolupament, producci\u00f3, emmagatzematge i distribuci\u00f3\u201d.<\/p>\n

L\u2019agregaci\u00f3 proteica, una q\u00fcesti\u00f3 clau en biomedicina i biotecnologia<\/strong><\/p>\n

L\u2019agregaci\u00f3 proteica ha passat de ser un \u00e0rea ignorada de la qu\u00edmica de prote\u00efnes a esdevenir una q\u00fcesti\u00f3 clau en biomedicina i biotecnologia. \u201cEl mal plegament de les prote\u00efnes i l\u2019agregaci\u00f3 subseq\u00fcent \u00e9s al darrera d\u2019un nombre creixent de desordres humans i \u00e9s una de les barreres m\u00e9s importants per dissenyar i fabricar prote\u00efnes per a aplicacions terap\u00e8utiques. Aquestes ter\u00e0pies, que impliquen l\u2019\u00fas d\u2019 anticossos monoclonals, de factors de creixement o la substituci\u00f3 d\u2019enzims, han demostrat ja tenir una alta precisi\u00f3 cap a les seves dianes moleculars, per la qual cosa aprofundir en el seu estudi resulta molt transcendent\u201d, conclou Salvador Ventura.<\/p>\n

Refer\u00e8ncies:<\/strong>\u00a0
\nAleksander Kuriata, Valent\u00edn Iglesias, Jordi Pujols, Mateusz Kurcinski, Sebastian Kmiecik and Salvador Ventura. Aggrescan3D (A3D) 2.0: prediction and engineering of protein solubility<\/strong> \u00a0Nucleic Acids Research<\/em>, gkz321, doi.org\/10.1093\/nar\/gkz321
\nhttps:\/\/academic.oup.com\/nar\/advance-article\/doi\/10.1093\/nar\/gkz321\/5485072<\/a>\u00a0<\/p>\n

Aleksander Kuriata, Valent\u00edn Iglesias, Salvador Ventura and Sebastian Kmiecik. Aggrescan3D standalone package for structure-based prediction of protein aggregation properties<\/strong>. Bioinformatics<\/em>. 2019 pii: btz143. doi: 10.1093\/bioinformatics\/btz143.
\nhttps:\/\/academic.oup.com\/bioinformatics\/advance-article-abstract\/doi\/10.1093\/bioinformatics\/btz143\/5368526?redirectedFrom=fulltext<\/a><\/p>\n

Es pot veure el funcionament de l\u2019AGGRESCAN3D en el seg\u00fcent enlla\u00e7: http:\/\/biocomp.chem.uw.edu.pl\/A3D2\/<\/a><\/p>\n

\u00a0<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Investigadors de l\u2019Institut de Biotecnologia i de Biomedicina (IBB), en col\u00b7laboraci\u00f3 amb cient\u00edfics de la Universitat de Vars\u00f2via, han presentat una important actualitzaci\u00f3 del seu m\u00e8tode computacional AGGRESCAN 3D, enfocada en facilitar i abaratir el desenvolupament de f\u00e0rmacs de nova generaci\u00f3 amb base proteica, disminuint la seva propensi\u00f3 a formar agregats mentre es mantenen estables […]<\/p>\n","protected":false},"author":65,"featured_media":2325,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[4],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2324"}],"collection":[{"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/65"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2324"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2324\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2326,"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2324\/revisions\/2326"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media\/2325"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2324"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2324"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/ibb.uab.cat\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2324"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}